De overlevenden van de ramp met de clipper Elisabeth zijn door het Nederlandse schip Kosmopoliet veilig afgeleverd in Batavia. Zowel kapitein Van Linden als Henry Greep proberen de koers van hun leven weer op te pakken.
Met zijn nieuwe schip, de bark Elisabeth II vertrekt Van Linden voor een reis van Batavia naar China en wordt daarbij vergezeld door zijn vaste bemanningsleden. De gebeurtenissen uit zijn verleden - de dood van de reder Greep maar ook de ramp met de clipper Elisabeth - varen met hem mee. Tijdens deze reis komt hij weer de nodige problemen tegen. Zeerovers, koelies, windstiltes, stormen en een achtervolging brengen hem verder weg van zijn eigenlijke doel: het simpelweg kapitein zijn die zijn lading veel thuisbrengt.
Zijn oude kapitein Blom probeert hem voortdurend op de koerslijn terug te brengen, met zijn geheel eigen motieven. Vooral op de terugreis van Elisabeth II, van China naar Soerabaja, wordt een deel van zijn geheime missie duidelijk.
Blom ziet een toekomst waarin de mensen in hun eigen veroorzaakte draaikolk verdwijnen. De oude kapitein heeft zich als taak gesteld een groep samen te stellen die de natuurramp zal overleven. Maar heeft hij daarvoor wel de tijd? Er is slechts één iemand die de tijd kan bepalen en dat is De Navigator.
Ron de Vos schreef in totaal 4 boeken over de avonturen van Kapitein Van Linden. Ter gelegenheid van het verschijen van het vierde deel "De Thuisvaart" zijn de drie eerdere delen opnieuw verschenen.
